W chwili sekularyzacji konwent liczył poza opatem 47 braci, 2 kleryków i 2 konwersów. Dobra klasztorne obejmowały 59 wsi, 32 folwarki, cegielnię oraz kilka manufaktur i stanowiły jedno z najbogatszych i największych dominiów duchownych na Śląsku. Protokół komisji sekularyzacyjnej powołanej przez rząd pruski pod przewodnictwem dr J. Büschinga wymienia 471 płócien, które zostały przejęte i przekazane do nowotworzonej galerii malarstwa we Wrocławiu. Z części klasztornej zabrano 88 obrazów w tym 31 autorstwa M.L. Willmanna, a z kościoła klasztornego 98, z czego 32 to dzieła Willmanna. Przy czym spis Büschinga nie obejmował wszystkich, a jedynie najcenniejsze obrazy. W zbrojowni klasztornej znajdowały się duże ilości starej broni, m.in. pełna zbroja rycerska wraz ze zbroją na konia. Według legendy należała ona do ks. Henryka II Pobożnego i w 1834 trafiła do Berlina. Ponadto w zbrojowni zastano 118 sztuk starych muszkietów wykładanych kością słoniową i masą perłową, 34 pistolety, 6 halabard, 17 szabel i mieczy, 3 żelazne działka, moździerz i 19 wiwatówek. W klasztornym skarbcu znajdował się zbiór 700 starych złotych i srebrnych monet, który zaginął w trakcie sekularyzacji. W skarbcu zabezpieczono też, znacznie uszczuplony obciążeniami fiskalnymi z 2 poł. XVIII w., zbiór naczyń liturgicznych, na który składały się: 1 złoty kielich z pateną, 25 kielichów srebrnych z patenami, 3 srebrne monstrancję, jedna wysadzana rubinami i kamieniami szlachetnymi, srebrny pastorał opatów, 2 srebrne krucyfiksy i wiele innych przedmiotów ze srebra oraz ogromną ilość starych szat liturgicznych, z czego samych ornatów było171. Po dawnej orkiestrze klasztornej, która koncertowała w Sali Książęcej i kościele pozostała duża ilość instrumentów muzycznych i obszerny materiał nutowy. Bogate i kosztowne umeblowanie z pałacu opatów, bogatą bibliotekę klasztorną i archiwum wywieziono do Wrocławia.

Od czasu sekularyzacji rozważano na jaki cel przeznaczyć monumentalny zespół zabudowań pocysterskich. 28 sierpnia 1811 r. Urząd Rejencji w Legnicy zaproponował założenie w murach klasztoru fabryki cukru pozyskiwanego z buraków. W roku 1812 osadzano tu jeńców rosyjskich, a w 1813 utworzono dla nich lazaret. W 1817 r. budynki mieszkalne i gospodarcze przeszły na własność królewskiej stadniny koni, a na dziedzińcu głównym utworzono plac do jazdy konnej. Stadnina funkcjonowała do roku 1936, kiedy to przeniesiono ją do Książa. W budynkach po północnej stronie placu klasztornego umieszczono leśniczówkę, sąd gminny oraz szkołę. W 1818 roku kościół klasztorny został udostępniony wiernym jako parafialny, natomiast kościół św. Jakuba przeszedł w roku 1836 na własność gminy ewangelickiej. W 1823 r. rząd w Berlinie przeznaczył klasztor w Lubiążu na Prowincjalny Psychiatryczny Zakład Leczniczy. Prace adaptacyjne, które nie oszczędziły zabytkowej substancji budowli i polegały m. in. na zmniejszaniu pomieszczeń ściankami działowymi i budowaniu niższych drewnianych stropów, trwały do 1830 r. Jadalnia opata została przebudowana na mieszkanie dla lekarza a fresk Willmanna zasłonięto stropem. Refektarz letni przeznaczono na magazyn bielizny a bibliotekę przeznaczono na uroczystości i widowiska teatralne. W wirydarzu postawiono budynek mieszczący pralnię i łaźnię. W budynku zainstalowano ogrzewanie powietrzne i nowoczesne jak na owe czasy toalety. Szpital dzielił się na publiczny zakład leczniczy dla Prowincji Śląskiej i mieścił się w budynku klasztoru oraz zakład leczniczo-opiekuńczy dla zamożnych chorych także z poza Śląska, usytuowany w pałacu opatów. Na początku lat 60 XIX w. budynek browaru przebudowano na mieszkania dla urzędników i na pralnię. Pod koniec XIX wieku wymieniono rurociąg drewniany doprowadzający wodę do klasztoru na żeliwny, unowocześniono toalety, urządzenia kąpielowe i wybudowano biologiczną oczyszczalnię ścieków.